Si tu as des connaissances en programmation, tu peux le faire assez facilement en utilisant le langage AutoIt qui te permettra de realiser un exécutable remplissant ce rôle.
Lien pour AutoIt :
http://www.autoitscript.com/site/autoit/Remarque : les fonctions FTP sont dans le module FTPEx.au3 qu'il faut inclure en tête de code source. (Voir l'aide User Defined Function Reference)
Sinon FileZilla est un excellent client FTP mais je ne sais pas trop comment faire une telle automatisation avec lui.
Cordialement.