La réponse est clairement OUI !
Pour ma part j'ai prévu le coup depuis le début, quand je décharge mes cartes sur disque dur, je renomme systématiquement mes fichiers à l'aide d'IrfanView.
Jusqu'à 9999 j'ajoutais un 0 après DSC_ puis un 1 etc... par contre il ne passe pas par 0 donc je n'ai pas de photo 10000. C'est passé directement de DSC_09999 à DSC_10001. Par contre si j'arrive à 99999 photos, j'aurai un problème (quoiqu'avec IrfanView ça va assez vite à renommer...).
Attention si tu remets tes fichiers a posteriori sur la carte pour les faire post-traiter par le D90, il faut enlever le caractère ajouté, sinon le D90 ne les reconnaîtra pas !
Ote-moi d'un doute : tu n'as pas tes 9980 photos sur la même carte quand même ?

Et ote-moi d'un autre doute : tu ne mets pas toutes tes photos sur disque dur dans un seul et unique répertoire ?
(si la réponse est oui à l'une de ces 2 questions, tu as du souci à te faire, sinon tu n'auras pas d'écrasement mais pour l'identification de tes photos, ça te posera quand même un léger problème, surtout que le D90 est prévu pour 150 000 déclenchements, ça fait 15 photos n°1, 15 n° 2 etc...)