Une grosse araignée !! l'Epeire des ponts ??

[marray]

... Je suis du même avis, mais je pense qu'il aurait fallu ouvrir un autre fil dédié aux morsures des Arachnides.

C'est un peu long mais ceux qui n'iront pas jusqu'au bout de cette lecture sont d'avance pardonnés ! 

A supposer que la place d'un tel fil dans une section d'aide à l'identification puisse trouver une justification, ce qui n'est peut-être pas évident, il me semblerait complètement irréaliste de l'introduire à partir des quelques problèmes posés par Eratigena agrestis dans des états du nord ouest des USA, qui, dans l'étude des principaux aranéismes d'importance médicale dans le monde, mériteraient à peine d'être mentionnés. C'est pourquoi j'avais été surpris par l'initiative de Richard qui, parce qu'il attirait l'attention de manière inattendue sur cet aspect secondaire de la question initialement traitée, m'était apparue comme une épanorthose faisant suite à une remarque de ma part qui ne lui était pourtant en rien destinée. Et cela d'autant plus qu'il se fondait sur un premier document reçu, lequel émanait d'un programme de l'Université de Californie, destiné surtout aux agriculteurs et autres habitants, sur la conduite à tenir dans cet état pour lutter contre les "pests" et, bien que cette espèce n'ait pas été observée dans cet état, mentionnait, sans doute à titre préventif, une expérimentation parue en 2001 qui affirmait que des lapins ayant reçu du venin d' Eratigena agrestis n'avaient montré aucune réaction nécrotique. Or le seul article de 2001 cité dans la bibliographie annexée à ce document est justement celui de G.J. Binford qu'A. Bolzern lui avait envoyé par mail et qu'il se proposait de consulter, mais que j'avais suffisamment étudié en 2008-2009 pour savoir qu'il n'y était pas question d'une expérimentation sur des lapins.
C'est également dans cet article de l'U.C. qu'il avait pu également relever:
" Although once common in Seattle, the hobo spider has been competitively displaced by another European species, the giant house spider, Eratigena atrica, so the hobo spider is now less dominant",  sans que la moindre source ne soit évoquée pour étayer cette affirmation.
Ce qu'on peut au moins retirer de ces échanges c'est la nécessité, si on souhaite s'appuyer sur des publications, de bien les replacer dans leur chronologie et d'exercer un examen critique sur leur objet, leur provenance, la crédibilité de leur(s) auteur(s), la présence ou l'absence de sources citées et le niveau scientifique que l'on estime pouvoir reconnaître à l'étude présentée.
Maintenant, pour répondre à la demande de Richard et peut-être clore ce chapitre sur Eratigena agrestis, cet article de G.J. Binford, partant du fait que l'espèce européenne est considérée comme inoffensive mais que l'espèce américaine a la réputation d'être la cause d'envenimations, cherche le moyen d'en prouver ou d'en infirmer le bien fondé. L'auteur a le mérite de suivre un protocole bien construit qui le conduit à réunir des populations, mâles et femelles, de trois provenances : de Marysville (USA), Tungstead Quarry, Angleterre (UK) et Le Landeron, Suisse. Suivant une méthodologie rigoureuse d'étude chimique des venins d' Eratigena agrestis par chromatographie liquide, il montre ainsi que ces venins sont de composition différente selon leur origine géographique mais que la population des USA est à peine différente de celle de Grande Bretagne alors qu'aucun chromatogramme n'était semblable à ceux de la population de Suisse. Il vérifie aussi que le venin des mâles est différent de celui des femelles, ce qui avait déjà été montré par les expérimentations de D. K Vest dont j'ai donné récemment un résumé; et des essais d'inoculation sur des insectes de venins US et UK montreront que celui des femelles est plus puissant que celui des mâles. Ce qui fait, en outre, la qualité de cet article c'est que les conditions d'expérimentation sont parfaitement expliquées et sont donc reproductibles afin de pouvoir comparer avec les résultats donnés sous forme de tableaux ou de graphiques. Certes il avance quelques interprétations tirées de l'examen des courbes chromatographiques et indique notamment qu'il a fait le choix de comparer les compositions chimiques des venins par la seule visualisation des chromatogrammes en intégrant comme critères le temps de rétention, les hauteurs relatives des pics, la surface et la forme des courbes. Il ajoute cependant :  "More detailed analyses (Mass spectrometry ore sequence analysis) are necessary to verify this assumption." Sa conclusion sera cependant: "ces résultats sont difficiles à concilier avec  le fait que des effets nécrotiques seraient propres aux Tegenaria agrestis des USA."

[Richard du nord]

C'est pourquoi j'avais été surpris par l'initiative de Richard qui, parce qu'il attirait l'attention de manière inattendue sur cet aspect secondaire de la question initialement traitée, m'était apparue comme une épanorthose faisant suite à une remarque de ma part qui ne lui était pourtant en rien destinée...

Rien de tout ça... mais plus prosaïquement le fait que j'ai rencontré une agrestis dans le jardin de ma fille et que je voulais m'informer des risques potentiels (enfants...) 

[marray]

Rien de tout ça... mais plus prosaïquement le fait que j'ai rencontré une agrestis dans le jardin de ma fille et que je voulais m'informer des risques potentiels (enfants...) 

Merci Richard de cette précision rassurante.
A propos de la publication de Binford, je m'aperçois que j'aurais peut-être dû expliquer son regret de s'en être tenu à une analyse par chromatographie. C'est que, dans la mesure où il n'y a pas eu d'analyse par spectrométrie de masse, il ne pouvait pas y avoir isolation des peptides (les toxines) ce qui aurait permis d'interroger des bases de données sur les effets connus de ces toxines sur différents tissus cellulaires. Et on peut regretter également qu'il n'ait pas étendu à la population de Suisse l'expérimentation qu'il a faite concernant l'effet produit sur des insectes par le venin des populations US et UK.

[coval95]

C'est un peu long mais ceux qui n'iront pas jusqu'au bout de cette lecture sont d'avance pardonnés ! 

A supposer que la place d'un tel fil dans une section d'aide à l'identification puisse trouver une justification, ce qui n'est peut-être pas évident, il me semblerait complètement irréaliste de l'introduire à partir des quelques problèmes posés par Eratigena agrestis dans des états du nord ouest des USA, qui, dans l'étude des principaux aranéismes d'importance médicale dans le monde, mériteraient à peine d'être mentionnés. C'est pourquoi j'avais été surpris par l'initiative de Richard qui, parce qu'il attirait l'attention de manière inattendue sur cet aspect secondaire de la question initialement traitée, m'était apparue comme une épanorthose faisant suite à une remarque de ma part qui ne lui était pourtant en rien destinée. Et cela d'autant plus qu'il se fondait sur un premier document reçu, lequel émanait d'un programme de l'Université de Californie, destiné surtout aux agriculteurs et autres habitants, sur la conduite à tenir dans cet état pour lutter contre les "pests" et, bien que cette espèce n'ait pas été observée dans cet état, mentionnait, sans doute à titre préventif, une expérimentation parue en 2001 qui affirmait que des lapins ayant reçu du venin d' Eratigena agrestis n'avaient montré aucune réaction nécrotique. Or le seul article de 2001 cité dans la bibliographie annexée à ce document est justement celui de G.J. Binford qu'A. Bolzern lui avait envoyé par mail et qu'il se proposait de consulter, mais que j'avais suffisamment étudié en 2008-2009 pour savoir qu'il n'y était pas question d'une expérimentation sur des lapins.

Bonjour marray
Je dois t'avouer que je ne connaissais pas le mot "épanorthose", même s'il m'est arrivé d'employer ce procédé (un peu comme M. Jourdain qui faisait de la prose sans le savoir  ).
Et pour minimiser un peu mon ignorance, je dois dire que je ne l'ai trouvé ni dans le Petit Larousse ni dans le Petit Robert. 
Heureusement qu'il y a Wikipédia :
https://fr.wikipedia.org/wiki/%C3%89panorthose

C'est également dans cet article de l'U.C. qu'il avait pu également relever:
" Although once common in Seattle, the hobo spider has been competitively displaced by another European species, the giant house spider, Eratigena atrica, so the hobo spider is now less dominant",  sans que la moindre source ne soit évoquée pour étayer cette affirmation.
Ce qu'on peut au moins retirer de ces échanges c'est la nécessité, si on souhaite s'appuyer sur des publications, de bien les replacer dans leur chronologie et d'exercer un examen critique sur leur objet, leur provenance, la crédibilité de leur(s) auteur(s), la présence ou l'absence de sources citées et le niveau scientifique que l'on estime pouvoir reconnaître à l'étude présentée.
Maintenant, pour répondre à la demande de Richard et peut-être clore ce chapitre sur Eratigena agrestis, cet article de G.J. Binford, partant du fait que l'espèce européenne est considérée comme inoffensive mais que l'espèce américaine a la réputation d'être la cause d'envenimations, cherche le moyen d'en prouver ou d'en infirmer le bien fondé. L'auteur a le mérite de suivre un protocole bien construit qui le conduit à réunir des populations, mâles et femelles, de trois provenances : de Marysville (USA), Tungstead Quarry, Angleterre (UK) et Le Landeron, Suisse. Suivant une méthodologie rigoureuse d'étude chimique des venins d' Eratigena agrestis par chromatographie liquide, il montre ainsi que ces venins sont de composition différente selon leur origine géographique mais que la population des USA est à peine différente de celle de Grande Bretagne alors qu'aucun chromatogramme n'était semblable à ceux de la population de Suisse. Il vérifie aussi que le venin des mâles est différent de celui des femelles, ce qui avait déjà été montré par les expérimentations de D. K Vest dont j'ai donné récemment un résumé; et des essais d'inoculation sur des insectes de venins US et UK montreront que celui des femelles est plus puissant que celui des mâles. Ce qui fait, en outre, la qualité de cet article c'est que les conditions d'expérimentation sont parfaitement expliquées et sont donc reproductibles afin de pouvoir comparer avec les résultats donnés sous forme de tableaux ou de graphiques. Certes il avance quelques interprétations tirées de l'examen des courbes chromatographiques et indique notamment qu'il a fait le choix de comparer les compositions chimiques des venins par la seule visualisation des chromatogrammes en intégrant comme critères le temps de rétention, les hauteurs relatives des pics, la surface et la forme des courbes. Il ajoute cependant :  "More detailed analyses (Mass spectrometry ore sequence analysis) are necessary to verify this assumption." Sa conclusion sera cependant: "ces résultats sont difficiles à concilier avec  le fait que des effets nécrotiques seraient propres aux Tegenaria agrestis des USA."

On reste un peu sur sa faim, si je puis dire, car l'analyse incomplète des échantillons ne permet pas vraiment de savoir si ceux provenant des USA ont une nocivité (nécroses) plus importante que ceux d'Europe, alors que c'était le but de l'étude. Je suppose que cette conclusion est motivée par la similitude des échantillons US et UK (au vu des analyses effectuées) ?
Par ailleurs, cette similitude ne suggère-t-elle pas que les individus introduits aux USA pourraient provenir du UK ? Pour l'établir, il faudrait comparer avec des échantillons d'autres parties du monde mais une analyse ADN serait probablement plus pertinente ?

[marray]

Je dois t'avouer que je ne connaissais pas le mot "épanorthose", même s'il m'est arrivé d'employer ce procédé (un peu comme M. Jourdain qui faisait de la prose sans le savoir  ).

Il ne m'avait pas échappé que la rareté de l'emploi de ce mot pourrait surprendre. J'espère qu'on voudra bien n'y voir aucune pédanterie car je n'y ai recouru que pour n'avoir pas su lui inventer un synonyme convenable ni le remplacer par une périphrase acceptable. 

On reste un peu sur sa faim, si je puis dire, car l'analyse incomplète des échantillons ne permet pas vraiment de savoir si ceux provenant des USA ont une nocivité (nécroses) plus importante que ceux d'Europe, alors que c'était le but de l'étude.

Rester sur sa faim est l'aliment de la recherche.
Quant au but principal de l'étude, il était de rechercher s'il existait des différences de composition entre les venins des espèces des deux continents. Même si l'expérimentatrice s'en est tenue à des analyses chromatographiques, ces différences ont tout de même été établies.

Je suppose que cette conclusion est motivée par la similitude des échantillons US et UK (au vu des analyses effectuées) ? Par ailleurs, cette similitude ne suggère-t-elle pas que les individus introduits aux USA pourraient provenir du UK ?

Encore faudrait-il prouver que l'introduction s'est faite dans ce sens, le contraire étant très possible puisque l'espèce est apparue aux USA au début des années 1900 et que sa première mention en Grande Bretagne est de 1949.

Pour l'établir, il faudrait comparer avec des échantillons d'autres parties du monde mais une analyse ADN serait probablement plus pertinente ?

C'est justement ce qu'écrit Greta Binford dans son article et que j'avais signalé.

[marray]

Mon dernier post commençait par la phrase: "Bonjour Coval95, merci de l'intérêt que tu portes à ce sujet pourtant assez éloigné de ceux ayant trait aux identifications. Tes remarques et tes questions sont toujours pleines de bon sens."
Je ne sais quelle mauvaise manœuvre a pu être responsable de la disparition de cette phrase. 

[coval95]

Mon dernier post commençait par la phrase: "Bonjour Coval95, merci de l'intérêt que tu portes à ce sujet pourtant assez éloigné de ceux ayant trait aux identifications. Tes remarques et tes questions sont toujours pleines de bon sens."
Je ne sais quelle mauvaise manœuvre a pu être responsable de la disparition de cette phrase. 

Peut-être un effet du "saucissonnage" de citations ? 

Il ne m'avait pas échappé que la rareté de l'emploi de ce mot pourrait surprendre. J'espère qu'on voudra bien n'y voir aucune pédanterie car je n'y ai recouru que pour n'avoir pas su lui inventer un synonyme convenable ni le remplacer par une périphrase acceptable. 
...

Ne t'inquiète pas marray, je suis contente d'avoir appris un nouveau mot. 
Par contre j'ai un peu de mal à faire le lien entre la définition donnée par Wikipédia et l'utilisation que tu as faite de ce mot dans ton post. 

[coval95]

...
Quant au but principal de l'étude, il était de rechercher s'il existait des différences de composition entre les venins des espèces des deux continents. Même si l'expérimentatrice s'en est tenue à des analyses chromatographiques, ces différences ont tout de même été établies.

J'ai peut-être mal compris ton post, alors. Tu écrivais ceci :

...
Maintenant, pour répondre à la demande de Richard et peut-être clore ce chapitre sur Eratigena agrestis, cet article de G.J. Binford, partant du fait que l'espèce européenne est considérée comme inoffensive mais que l'espèce américaine a la réputation d'être la cause d'envenimations, cherche le moyen d'en prouver ou d'en infirmer le bien fondé.

Encore faudrait-il prouver que l'introduction s'est faite dans ce sens, le contraire étant très possible puisque l'espèce est apparue aux USA au début des années 1900 et que sa première mention en Grande Bretagne est de 1949.

Là encore, j'ai peut-être mal interprété ton propos :

...
C'est l'occasion de rappeler que beaucoup d'espèces introduites dans une zone éloignée y adoptent souvent des comportements qui n'étaient pas les leurs dans leur contrée d'origine. Un cas notoire est celui d'Eratigena agrestis (ex Tegenaria a.) qui, chez nous, ne fréquente les maisons que très rarement et n'a jamais fait parler d'elle en Europe et qui, arrivée on ne sait comment dans le nord-Ouest des USA (Etat de Washington et Oregon) où elle a reçu le nom de "Hobo spider", vit principalement dans les habitations où des cas de ses morsures suivies d'envenimations nécrosantes ont été observés.

Cela semblait suggérer qu'elle avait été découverte aux USA plus tardivement qu'en Europe et donc qu'elle avait fait le voyage d'Europe vers les USA.
EDIT Et aussi que les USA ne sont pas la contrée d'origine de cette araignée.
Désolée si j'ai extrapolé hâtivement. 

C'est justement ce qu'écrit Greta Binford dans son article et que j'avais signalé.

Là, j'ai clairement mal compris le texte en anglais :

...Il ajoute cependant :  "More detailed analyses (Mass spectrometry ore sequence analysis) are necessary to verify this assumption." Sa conclusion sera cependant: "ces résultats sont difficiles à concilier avec  le fait que des effets nécrotiques seraient propres aux Tegenaria agrestis des USA."

Je comprends maintenant que "sequence analysis" signifie "analyse ADN", désolée d'avoir enfoncé une porte ouverte. 

[mslicht]

Bonsoir à tous,
Juste petit ajout pour Coval95 "sequence analysis" dans ce cas précis se réfère plutôt à une analyse de la séquence en acides aminés des peptides incriminés. La spectroscopie de masse n'est pas trop utilisée pour le séquençage de l'ADN.

cdlt

mslicht

[coval95]

Bonsoir à tous,
Juste petit ajout pour Coval95 "sequence analysis" dans ce cas précis se réfère plutôt à une analyse de la séquence en acides aminés des peptides incriminés. La spectroscopie de masse n'est pas trop utilisée pour le séquençage de l'ADN.

cdlt

mslicht

Ah ! Merci mslicht pour ton éclairage. Du coup je ne sais pas où marray a vu qu'une analyse ADN était envisagée ? 

[mslicht]

Je n'ai pas relu avec précision l'ensemble des post mais une analyse de l'ADN des araignées serait utile pour comprendre dans la filiation génétique entre les américaines et européennes. La spectroscopie de masse et l'analyse de séquences seraient utilisent pour déterminer avec précision la séquence peptique des toxines sécrétées et ainsi essayer de comprendre la différence d'action entre les US et la France si différence il y a.

cdlt

mslicht

[marray]

Ah ! Merci mslicht pour ton éclairage. Du coup je ne sais pas où marray a vu qu'une analyse ADN était envisagée ? 

D'abord, je n'ai pas écrit que cette analyse était envisagée mais que G. Binford avait déclaré qu'elle était nécessaire pour vérifier non seulement les interprétations qu'elle avait données de ses chromatogrammes mais aussi la conclusion générale qu'elle donne de son étude.
Ensuite, je ne crois pas que la remarque de mslicht ait véritablement éclairé le problème.
Parce que "sequence analysis" peut parfaitement englober non seulement l'analyse de séquences de peptides mais aussi celles de nucléotides qu'ils soient d'ADN ou d'ARN.
Et, s'il est vrai que la Spectrométrie de masse n'est pas indispensable pour analyser une séquence d'ADN cela ne prouve pas que l'auteur de l'étude ait exclu cette analyse de l'ADN de celles qu'elle estime nécessaires dans la mesure où cela permettrait de comprendre les liens génétiques et leur évolution entre les trois populations.
edit: je vois que mslicht a été plus prompt que moi pour glisser son dernier post. 

[Richard du nord]

Dans le document dont je vous ai donné le lien, cela concerne essentiellement la Californie qui, d'après l'auteur, n'est pas concernée par l'Eratigena agrestis et, d'après ce que j'ai compris, peut-être à tort (je reste prudent car j'ai fait traduire l'article !), reproche aux témoignages de ne pas être "scientifiques" car cette araignées ne se trouverait pas en Californie et qu'il faudrait chercher ailleurs l'origine de ces morsures "nécrotiques" mal identifiées (peut-être la Recluse brune) ! Cette araignée concernerait l'Amérique de Nord et précise qu'à Seattle, cette "hobospider" (ils ne définissent d'ailleurs pas clairement qu'elle araignée est concernée par cette appellation)  a été remplacée par l'Eratigena atrica... !
Bref beaucoup de questions restent en suspens... !

[marray]

Bonsoir Richard, c'est vrai que ce fil commence à être long et que son intérêt doit faiblir, car ton dernier post me donne  comme l'impression que tu as dû sauter la lecture de quelques interventions concernant justement le document dont tu parles.

[marray]

Je me permets de rafraîchir, une dernière fois, ce fil, dont on n'imaginait pas, au départ qu'il conduirait à tant de remarques incidentes sans rapport avec la demande initiale. La raison en est que, relisant l'ensemble de ces pages, je constate que mes propos, quand ils ont été lus (ce qui n'a pas été toujours le cas), ont parfois conduit à des suppositions infondées voire à des interprétations erronées. Au point que j'en arrive à regretter de m'être lancé dans tous ces développements dont plusieurs interventions souligneraient plutôt l'inutilité.
En voici un exemple:

j'ai peut-être mal interprété ton propos :Cela semblait suggérer qu'elle avait été découverte aux USA plus tardivement qu'en Europe et donc qu'elle avait fait le voyage d'Europe vers les USA.
EDIT Et aussi que les USA ne sont pas la contrée d'origine de cette araignée.
Désolée si j'ai extrapolé hâtivement. 

Il est bien clair que l'espèce Eratigena agrestis (ex Tegenaria a.) décrite en 1802 par Walckenaer, et trouvée au début des années 1900 dans l'Etat de Washington et l'Orégon, avait fait le voyage de l'Europe vers les USA.
En revanche, et je pensais l'avoir expliqué dans un contexte qui ne pouvait pas laisser de place au doute, on peut supposer, compte tenu de la similitude des analyses des venins de la population US et de celle de l'échantillon UK, que l'échantillon étudié par G. Binford provenant de Grande Bretagne, où l'espèce n'a été observée pour la première fois qu'en 1949, soit après la deuxième guerre mondiale, puisse résulter d'une importation des USA vers le Royaume Uni. Ce ne serait pas le premier cas d'arrivage d'araignées en Europe dû à l'importance des transports et mouvements (de troupes notamment), qui puisse être attribué à cette cause.
J'en profite pour répondre à Coval sur un autre sujet, bien secondaire celui-ci.

Par contre j'ai un peu de mal à faire le lien entre la définition donnée par Wikipédia et l'utilisation que tu as faite de ce mot* dans ton post. 

* il s'agissait du mot "épanorthose"
La définition donnée par Wikipédia n'est pas suffisamment précise. Il s'agit d'une figure de rhétorique par laquelle une même personne après avoir exposé un avis et entendu une explication à laquelle elle semble se rallier dans un premier temps revient ensuite à la charge avec des arguments qu'elle juge plus forts.

[coval95]

Merci marray pour ces précisions utiles.
Je pense que mon incompréhension (concernant les tégénaires) vient du fait que j'ai considéré le UK comme faisant partie de l'Europe alors que ce n'est pas le cas de tout le monde, en particulier des araignées.